Desa Puteri Sembilan merupakan desa hasil pemekaran dari desa Kadur, Kecamatan Rupat Utara, Kabupaten Bengkalis. Berdirinya Desa Puteri Sembilan berawal dari beberapa kelompok masyarakat dari dusun Pasir Putih dan Dusun Parit Baru yang ingin memisahkan diri dari Desa Kadur (Desa Induk), mengingat daerah Desa Kadur memiliki wilayah yang cukup luas. Untuk mewujudkan keinginan tersebut, kedua kelompok dari dusun tersebut melakukan upaya pemekaran desa dengan berbagai proses dilaksanakan, mulai dari pengumpulan tandatangan masyarakat yang setuju untuk dimekarkan daerah tersebut hingga selesainya proposal pemekaran Desa diajukan ke Bengkalis melalui Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) Kabupaten Bengkalis. Sebelum disahkan dari pemerintah kabupaten Bengkalis, masyarakat tersebut bermusyawarah untuk memberi nama Desa yang akan dimekarkan, dari hasil musyawarah tersebut disepakati nama desa diberi dengan nama Puteri Sembilan dengan alasan tidak ada keberpihakan dari nama kedua dusun tersebut karena mengingat disana terdapat makam lama yang di kenal dengan makam Puteri Sembilan.
Seiring berjalannya waktu tepat pada hari Rabu, tanggal 7 Desember 2012, bertempat dibalai Desa Kadur telah di laksanakan Musyawarah tentang Pemekaran Desa yang dihadiri oleh Kepala Desa kadur, Ketua BPD dan anggota, Ketua LKMD dan anggota Kepala Dusun se-Desa Kadur, serta tokoh masyarakat, tokoh agama, tokoh adat, dan tokoh pemuda serta masyarakat lainnya.
Dari hasil pembahasan telah disepakati keputusan musyawarah sebagai berikut:
- Pemerintah Desa kadur Kecamatan Rupat Utara Kabupaten Bengkalis telah sepakat untuk dilakukan pemekaran Desa Kadur menjadi 2(dua) Desa, salah satunya adalah Desa Puteri Sembilan
- Masyarakat Desa kadur telah menyetujui Batas Wilayah Desa Induk dengan Desa Pemekaran.
- Pemekaran Desa di maksud tidak berdampak terhadap sosial Budaya Masyarakat.
- Peta batas wilayah pemekaran.
- Setelah terbit peraturan Daerah Kabupaten Bengkalis Nomor : 13 Tahun 2012, Tentang Pembentukan Desa, dan salah satunya adalah Desa Puteri Sembilan yang memiliki luas willayah kurang lebih 62 KM ( enam puluh dua kilometer persegi ) dengan jumlah penduduk laki-laki : 795 dan perempuan : 738 atau 368 KK. Yang terdiri dari 2 (dua) dusun yaitu Dusun Parit Baru dan Dusun Pasir Putih, yang memiliki 4 (empat) RW dan 10 (sepuluh) RT.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Bengkalis nomor 13 tahun 2012 tentang Pembentukan Desa Hutan Ayu, Desa Suka Damai dan Desa Puteri Sembilan Kecamatan Rupat Utara. Pada tanggal 28 November 2013 Desa Puteri Sembilan diresmikan oleh Bupati Bengkalis Bapak Herlian Saleh dan menempatkan Bapak Hazri sebagai Pejabat Sementara (PjS) Kepala Desa Puteri Sembilan hingga terpilihnya Kepala Desa Defenitif Bapak Zali, S.Th.I melalui Pemilihan Kepala Desa Pada tanggal 11 Juli 2017 dan pada tanggal 30 Agustus 2017 bapak Zali, S.Th.I Secara Resmi dilantik oleh Bupati Bengkalis Bapak Amril Mukminin di kecamatan Rupat bersama Kepala Desa terpilih lainnya.
Desa Puteri Sembilan memiliki luas wilayah 62 ha, yang terdiri dari 2 (dua) dusun, yaitu dusun Parit Baru dan dusun Pasir Putih. Secara geografis, desa Puteri Sembilan terletak dibagian terluar di Kecamatan Rupat Utara dan berbatas langsung dengan kecamatan Rupat. Adapun batas-batasnya meliputi:
- Sebelah utara berbatasan dengan desa Tanjung Punak, Kecamatan Rupat Utara
- Sebelah selatan berbatasan dengan desa Kadur, Kecamatan Rupat Utara dan Kecamatan Rupat, Desa Makeruh.
- Sebelah timur berbatasan dengan selat malaka.
- Sebelah barat berbatasan dengan desa Kadur dan desa Tanjung Punak, Kecamatan Rupat Utara
Penduduk desa Puteri Sembilan memiliki beberapa suku, antara lain :
- Melayu : 1380 jiwa
- Jawa : 214 jiwa
- China : 6 jiwa
- Cina RRC : 3 jiwa
- Bajawa : 2 jiwa
- Melayu Asa : 2 jiwa
- Akit : 1 jiwa
- Sumbawa : 9 jiwa
Desa Puteri Sembilan memiliki penduduk yang mayoritasnya beragama Islam. Adapun jumlah penduduk berdasarkan agama yang dianut antara lain:
- Islam : 1460 jiwa
- Budha : 147 jiwa
- Katholik : 9 jiwa
- Kristen : 1 jiwa
Selain itu, desa Puteri Sembilan juga memiliki potensi wisata, yaitu pantai Bestari dan Makam Puteri Sembilan. Pantai Bestari terletak di sebelah timur dusun Pasir Putih, Desa Puteri Sembilan. Sedangkan makam Puteri Sembilan terletak di dusun Parit Baru, tidak jauh dari pantai Selonjong Parit Baru.
